Tiền thân của Lực lượng Biệt động quân Biên phòng là các đơn vị biên phòng thuộc chương trình Dân sự chiến đấu (CIDG), do Liên đoàn 5 Lực lượng Đặc biệt của Quân đội Hoa Kỳ tại Nam Việt Nam trực tiếp chỉ huy và huấn luyện. Được thành lập vào các năm 1961-1962 dưới sự bảo trợ của CIA, từ năm 1967, các đội biệt kích CIDG được đặt dưới quyền chỉ huy của Lực lượng Đặc biệt Hoa Kỳ, trang bị vũ khí hiện đại để trở thành các trại Biên phòng/Lực lượng Đặc biệt với mục đích bảo vệ biên giới, chống lại các hoạt động xâm nhập của Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam và các cán bộ Cộng sản vào các buôn làng.

Cùng với kế hoạch Việt Nam hóa chiến tranh và rút dần các đơn vị chiến đấu khỏi Nam Việt Nam, từ năm 1970, Quân đội Mỹ bàn giao các đồn trại vũ trang CIDG lại cho Quân lực Việt Nam Cộng hòa. Các đơn vị đồn trú biên phòng CIDG được tổ chức lại, một số đồn trại Biên phòng được rút bỏ, một số đơn vị đồn trú được sáp nhập vào các trại Biên phòng chủ chốt để thành cấp số Tiểu đoàn và được đổi tên thành Lực lượng Biệt động quân Biên phòng, đặt dưới quyền điều động của Tư lệnh Quân đoàn và quyền quản lý hành chính của Bộ chỉ huy Biệt động quân Quân khu và Trung ương. Tuy nhiên, nhiệm vụ của các Tiểu đoàn Biệt động quân Biên phòng vẫn như cũ, vẫn đồn trú tại trại Biên phòng và tiếp tục giữ nhiệm vụ bảo vệ an ninh khu vực biên giới.